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segunda-feira, 15 de junho de 2015

DNALinux - conheça a distribuição do linux para quer trabalhar com Bioinformática



DNALinux - conheça a distribuição do linux para quer trabalhar com Bioinformática







Linux para Bioinformática DNAlinux é uma máquina virtual com o software pré-instalado bioinformática.


DNAlinux Virtual Desktop Py4Bio está pronto!. Esta edição é chamado Py4Bio porque é a distribuição Linux incluído no livro de Bioinformática – Python for Bioinformatics (Chapman & Hall/CRC Mathematical and Computational Biology)


O que é Bioinformática mesmo?


química, física, biologia, ciência da computação, informática e matemática/estatística para processar dados biológicos ou biomédicos.


Buscando tratar os dados, é necessário desenvolver softwares para, por exemplo: identificar genes,


Prever a configuração tridimensional de proteínas, identificar inibidores de enzimas, organizar e relacionar informação biológica, simular células, agrupar proteínas homólogas, montar árvores filogenéticas, comparar múltiplas comunidades microbianas por construção de bibliotecas genômicas, analisar experimentos de expressão gênica entre outras inúmeras aplicações.

A bioinformática combina conhecimentos de química, física, biologia, ciência da computação, informática e matemática/estatística para processar dados biológicos ou biomédicos.







DNALinux - conheça a distribuição do linux para quer trabalhar com Bioinformática

Buscando tratar os dados, é necessário desenvolver softwares para, por exemplo: identificar genes, prever a configuração tridimensional de proteínas, identificar inibidores de enzimas, organizar e relacionar informação biológica, simular células, agruparproteínas homólogas, montar árvores filogenéticas, comparar múltiplas comunidades microbianas por construção de bibliotecas genômicas, analisar experimentos de expressão gênica entre outras inúmeras aplicações.


Indagação do Suporte Ninja…
Já pensou o atraso no desenvolvimento humano se um pesquisador tivesse que pagar por uma licença para poder pesquisar? Quanto custaria? $20.000,00? $30.000,00 dólares?


O que é o DNALinux? é uma distribuição Linux com varios softwares voltados para estudos em Bioinformática pré-instalados.


Acreditamos que este distro enche um nicho vazio. O software especializado normalmente é lançado como texto fonte só e o seu não empacotado para a instalação fácil em Linux “dominante”.

A maior parte dos pesquisadores, e não é fácil instalar (que é verdade particularmente para pessoas leigas em linux). Como contamos antes, todo o software é pré-instalado. Desde que o distro trabalha do CD, pode instalar o sistema operacional ou então rodar como Live-CD mesmo, nenhuma modificação permanente vai ser feita ao seu sistema operacional instalado (a menos que você particione o disco rígido e instale o DNAlinux).


VMWare você pode rodar Linux e Windows lado a lado.

DNAlinux é também um servidor web. Você não tem que configurar um servidor web Apache e instalar programas CGI desde DNALinux tem-los pré-instalado e pronto para ser executado. Com um servidor, você pode fazer uma explosão de seu computador host.


O que é DNAlinux Virtual Desktop (VD)?


DNAlinux VD é uma máquina virtual pré-configurada (VM) com aplicativos direcionados para bioinformática (tanto para analise de  DNA ou análise de proteínas).  Utilize a máquina virtual  VMWare player. O VMWare player pode ser executado em máquinas Windows e uma vez que a VM roda como um aplicativo do seu sistema operacional, e o que você faz com DNAlinux VD não altera nada no computador host para que você pode ter dois ambiente de trabalho (DNAlinux e Windows ao mesmo tempo no computador).


No topo de programas Linux habituais, entre os software voltados para Bioinformática do DNAlinux estão incluídos:

ApE- A Plasmid Editor, Biopython, Blast, Emboss, FinchTV, NCBI Toolkit, Polyxmass, primer3 (and a working web interface, primer3plus), Rasmol, Readseq e muitos mais . Clique aqui e veja uma lista completa.


Requisitos mínimos de hardware:


Pentium IV ou melhor
1 GB de RAM
20 Gb de espaço em disco
Software:
Windows XP, Vista ou Linux




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Qualquer duvida sobre instalação ou utilização dos aplicativos do DNAlinux podem ser encontrados NESTA PÁGINA.